El Instituto Cardenal Cisneros de Madrid se creó en 1.845, denominándose entonces Instituto del Noviciado, y tenía su sede en la Calle de San Bernardo de Madrid.
Junto con el Instituto San Isidro, en él se impartieron indistintamente tanto la Enseñanza Secundaria como los Estudios de Filosofía, dependiendo administrativamente de la Universidad, al igual que los colegios privados. Los profesores de ambos Institutos y los de la Facultad de Filosofía constituían un solo claustro, cuya presidencia recayó inicialmente en el Decano de la Facultad de Filosofía y Letras, Catedrático de Economía, Don Eusebio María del Valle.

Entrada principal del Instituto
En el año 1.847, el Plan de Estudios de Don Nicomedes Pastor Díaz separó los estudios de Secundaria de los de Filosofía, y el Instituto pasó a ser dirigido por un Director, dependiendo administrativamente de la Secretaría de la Universidad, órgano que tenía la competencia para conferir el grado de Bachiller.
La primera dirección del Instituto fue encomendada al Catedrático de Francés Don Francisco Tramarría.
En el año 1857, con la Ley Moyano, la administración de los Institutos se desgaja e independiza de la Universidad, siendo los Directores de los mismos los que asumen la competencia de inspección de los colegios privados.

Aula de la planta primera
La Real Orden de 21 de Junio de 1.877 dio finalmente al Instituto del Noviciado el nombre de Instituto del Cardenal Cisneros, honrando con ello la memoria del fundador de los estudios de Humanidades y Filosofía en Alcalá de Henares, que dieron origen al mismo.
Fue en ese mismo año cuando el Ministro de Fomento, Excmo. Sr. Conde de Toreno, antiguo alumno del Instituto, dio la orden para iniciar la construcción del edificio ubicado en la Calle de los Reyes de Madrid, que desde entonces ocupa el Instituto.